Il Museo è stato fondato nel 1994 per studiare, fare ricerca, promuovere, preservare e proteggere questo inestimabile "testimonial" della vita di un lontano passato.

Il 2000 ha segnato la creazione della rete Geopark europea, con l’obiettivo di creare una cooperazione a livello europeo tra parchi e monumenti geologici per lo sviluppo del geoturismo. Il Museo di Storia Naturale della Foresta Pietrificata di Lesbo è membro fondatore di questa rete.

Nel 2001 il museo ha ricevuto il premio Eurosite per l’efficace gestione della Foresta Pietrificata di Lesbo. Nel febbraio del 2004, la Foresta Pietrificata di Lesbo è stata inserita nella Global Geopark Network dell'UNESCO.

Con la sua partecipazione al progetto, Il Museo di Storia Naturale di Lesbo offre la possibilità di un ricco scambio di esperienze ed interventi pilota per la promozione della tutela pubblica dal pericolo  sismico. Il museo come organizzazione può fornire importanti risultati e subito implementare nuove pratiche educative che si presentano nei programmi educativi rivolti ai bambini. Inoltre, può anche informare i cittadini della zona rispetto ai nuovi dati sul fenomeno sismico.